Do 1945 roku bazylika pełniła funkcję zarówno kościoła katolickiego, jak i ewangelickiego. Po wielu ostrzałach i zniszczeniach w czasie II wojny światowej, przetrwała do dziś.

Początek istnienia gdańskiego kościoła NMP nie jest do końca wyjaśniony. Dawna tradycja przekazuje rok 1243 jako rozpoczęcie budowy świątyni. Jednak badania archeologiczne nie przyniosły żadnych dowodów na potwierdzenie tej hipotezy. Przypuszcza się, że w miejscu obecnej Bazyliki Mariackiej stał wcześniej drewniany kościół, który został wzniesiony przez księcia Świętopełka II Wielkiego.

Wiadome jest, że budowę świątyni rozpoczęto równocześnie z dwóch stron – wschodniej i zachodniej. Niektóre fragmenty dawnej, ceglanej budowli zachowały się w murach obecnej. Od zachodu wzniesiono niską, dwukondygnacyjną wieżę ­– dzwonnicę, opiętą masowymi przyporami. Na przedłużeniu naw bocznych przylegały do wieży dwie kaplice. Wysokość wieży została podyktowana przez Krzyżaków, którzy nakazali, aby nie przekraczała ona wysokości dawnego zamku. Przypuszcza się, że pierwotne prezbiterium miało mieć formę trójnawową o prostym zamknięciu. Od początku budowy pieczę nad budową sprawowali gdańscy mieszczanie, jednak ich prawa były podporządkowane restrykcjom Zakonu Krzyżackiego, dlatego też kształt świątyni nie był zgodny z ambicjami mieszkańców Głównego Miasta.

W 1517 roku rozpoczął się okres luterański. Do Polski dotarł on około 10 lat później. W 1529 roku w gdańskiej farze, odbyło się pierwsze nabożeństwo protestanckie, choć główny ołtarz jeszcze przez kilkanaście lat służył katolikom. Przez kolejne stulecia kościół służył gminie luterańskiej, lecz do drugiej połowy XVII wieku proboszczami byli katoliccy duchowni wyznaczani przez polskiego króla.

Co ciekawe, 28 października 1730 roku, Johann Sebastian Bach wysłał list do przyjaciela, który mieszkał w Gdańsku. Prosił w nim o złożenie wielce przychylnej rekomendacji na stanowisko kapelmistrza kościoła Mariackiego. Niestety bezskutecznie.

Wojna wyrządziła wiele zniszczeń w całym Gdańsku. Również bazylika została naruszona. Podczas walk w marcu 1945 roku, w wyniku ostrzału artyleryjskiego, spłonęły drewniane konstrukcje dachów, runęło 40% sklepień, stopiły się niektóre dzwony. Większa część wyposażenia uległa zniszczeniu, a te które ocalały znajdują się między innymi w Muzeum Narodowym w Warszawie. W 1946 roku rozpoczęły się prace odgruzowywania wnętrza i zabezpieczanie kościoła. Tym także roku na mocy decyzji Rady Narodowej świątynia przeszła w ręce Kościoła Rzymskokatolickiego. Po pracach porządkowych pojęto decyzję o odbudowie budynku. 9lat później nastąpiło poświęcenie świątyni i przekazanie jej wiernym, lecz prace trwały nadal. Zakończenie odbudowy datuje się na 1983 rok, kiedy to ściany i sklepienia zostały zdobiła wapienna biel.

Obecnie Bazylika Mariacka zwana jest „koroną Gdańska”, ponieważ jest największą w Europie świątynią wybudowaną z cegły. Jej mury i wieże wznoszą się wysoko ponad panoramę miasta. Bazylika ma długość 105,5 m, a na 27 wolno – stojących filarach wspiera się sklepienie kryształowe i gwiaździste.